宗王乃顏叛亂，朝廷親自征討，並召董士選到行軍駐地，並與李勞山一起帶領漢人組成的軍隊前去平叛。乃顏叛軍見董士選部一路殺來，遂命令手下人一陣箭射，隻見飛矢如雨。即使這樣的險境，董士選帶領步兵撥打飛箭繼續前進。雙方展開激戰，終以朝廷軍隊勝利而宣布結束。董士選緩急進退有禮，朝廷忽必烈頗為善待於他。
元成宗鐵木耳繼位，董士選在建康（今南京）行使樞密院一職，沒過多久，董士選拜江西行省左丞。斯時，江西盜匪劉六十偽立名號，聚眾上萬多人，在當地為非作歹魚肉百姓。
朝廷派遣軍隊前往征討，元朝主將四處觀望畏畏縮縮不肯出戰。當地鎮守官員又怕擾民，致使盜匪日益猖獗，氣焰囂張。
董士選得知消息後，便自告奮勇向朝廷要求前去剿滅賊寇，眾大臣聞聽之後，一個個笑逐顏開便欣然托付於他。董士選領命之後，便馬不停蹄直奔盜匪老巢。不僅如此，董士選不要求帶領精兵強將，而是率領官吏李霆鎮、元明善二人，持文書以去。朝中眾大臣麵麵相覷，不知道武節將軍董士選葫蘆裏賣的是什麽藥。董士選與就伴的兩人來到江西境內，遂逮捕欺壓百姓的那些害群之馬。老百姓奔走相告交頭接耳道:“不知道還有這樣深得民心的官法。”
董士選等人進到興國縣，那裏距賊巢不到一百裏地，便挑選將校官員並命令他們分兵守地待命，觀察辨別那些動亂分子，一旦查出均按國家法律進行製裁。對於明知不報私自窩藏包庇之人，一經查處嚴懲不貸。
於是當地老百姓聽到這條消息後，一個個爭先恐後紛紛拿起法律武器爭相檢舉作奸犯科之人。沒有幾天時間，董士選遂擒賊首，其餘從眾一律遣送回家務農。從賊首那裏搜出一些文書，附近郡縣的富人名單具列其中。李霆鎮、元明善請求把這些單據文書賬單一同燒掉。熊熊大火旁，圍觀群眾莫不興高采烈歡欣鼓舞。自此以後，民心益安。
董士選遂派遣使者向朝廷稟告鎮壓按撫之事。
中書平章政事博果秘密召到來使，說:“董公寫功勞簿上了嗎？”使者說:“我一直在行動，可董左丞一再叮囑:‘朝廷若問起軍功，你就說鎮壓安撫沒有遭受多大波折，隻要我得以免罪，那是多麽幸運的事情呀！至於軍功，沒有人可以信服。’”於是，使者取出文書，隻請求罷黜幾個貪官汙吏而已，至於破賊之事，隻字不提。
朝廷與群臣商議，均深深歎服董士選識大體顧大局。之後，董士選拜江南行禦史台中丞。董士選廉潔自律威武霸氣且尚以樸素著稱，不言而嚴肅，凜然有大臣之風。
之後，董士選入僉樞密院事，不久，拜禦史中丞。前中丞崔彧久任風紀，善斡旋以就事功。那時，丞相諤勒哲重用劉深，讓他出師南征八百媳婦國（古代西南蠻之一，世傳其王有八百個妻子而得名。），彼此相距數萬裏，遠冒煙瘴，加上水土不服。這支部隊還沒參加戰鬥，卒死者十已七八。
不僅如此，丞相諤勒哲驅趕民夫打圈圈繞彎彎運送粟糧餉軍。由於溪穀之間狹窄，運糧車根本就過不去。無奈，隻好讓人們肩挑手扛才能到達。每個挑夫負擔八鬥粟糧，旁邊還得有幾個人幫忙。
就這樣，挑夫行走一趟需要幾十天，致使民夫道斃者達到了幾十萬人。朝廷內外，一片嘩然。而諤勒哲對朝廷說:“江南之地都是始祖所取，朝廷不發動這場戰役，則無功可見於後世。”朝廷聞罷，遂采納諤勒哲建議，用兵意誌更加堅定。故此，朝廷內再也沒有人敢進諫了。
江南禦史台中丞董士選獲悉這一重大事件後，便率同列一道奏事殿中。士選便發表自己的主張:“如今，劉深出師，以有用之民而取無用之地，就令當取，也必須讓遣使明白這件事，諭之不從，然後聚粱選兵，視時而動，豈得輕用一人妄言，而致上百萬生靈於死地？”
朝廷聞聽之後，臉色驟然大變，董士選依然明辨不止，侍從都為士選這種舉止而嚇得戰栗不止。
朝廷說:“事已至此，卿不要再說了。”
董士選說:“如果臣的話能夠獲罪，那麽臣敢做敢當。他日因為臣不說而獲罪，臣死了又有什麽好處呢？”
朝廷聽不下去了，遂起身離朝，左右相擁而出。
沒過幾個月，朝廷獲悉元軍出師不利大敗而歸，遂慨然說:“董卿的預言果然應驗，朕很慚愧呀！”
因為這件戰事，朝廷賜禦史台中丞董士選上尊，以表彰他敢於直言，遂停止發兵征戰，誅殺劉深等人。
之後，董士選出為江浙行省右丞，遷汴梁（今開封）行省平章政事，又遷陝西。
董士選平生以忠義自許，尤號廉介，自門生部曲，不敢持一毫獻者，治家甚嚴，而孝弟尤篤。當時，要是一說起世家有禮法的人家，必然非真定府蒿城董家莫屬。
不僅如此，董士選禮賢下士尤為突出。在江西，把官吏元明善尊為賓友，又把吳澄尊稱老師而虛心學習。還把鴻儒吳澄老師宴請家中給孩子們授業解惑。此種範例舉不勝舉。
晚年，董士選好讀《易》，清心寡欲伴隨終身。每次做官，他總是賣掉先業田廬為貧困人家捐款，故而，他老年時生活更加貧困。子孫們穿衣打扮也與平民百姓沒有什麽兩樣。做官的人往往稱讚董士選是廉潔官吏。
董士選有三個兒子，長子董守忠，雲南省參政知事；二兒子董守愨侍政府判官；小兒子董守思知威州。
元成宗鐵木耳繼位，董士選在建康（今南京）行使樞密院一職，沒過多久，董士選拜江西行省左丞。斯時，江西盜匪劉六十偽立名號，聚眾上萬多人，在當地為非作歹魚肉百姓。
朝廷派遣軍隊前往征討，元朝主將四處觀望畏畏縮縮不肯出戰。當地鎮守官員又怕擾民，致使盜匪日益猖獗，氣焰囂張。
董士選得知消息後，便自告奮勇向朝廷要求前去剿滅賊寇，眾大臣聞聽之後，一個個笑逐顏開便欣然托付於他。董士選領命之後，便馬不停蹄直奔盜匪老巢。不僅如此，董士選不要求帶領精兵強將，而是率領官吏李霆鎮、元明善二人，持文書以去。朝中眾大臣麵麵相覷，不知道武節將軍董士選葫蘆裏賣的是什麽藥。董士選與就伴的兩人來到江西境內，遂逮捕欺壓百姓的那些害群之馬。老百姓奔走相告交頭接耳道:“不知道還有這樣深得民心的官法。”
董士選等人進到興國縣，那裏距賊巢不到一百裏地，便挑選將校官員並命令他們分兵守地待命，觀察辨別那些動亂分子，一旦查出均按國家法律進行製裁。對於明知不報私自窩藏包庇之人，一經查處嚴懲不貸。
於是當地老百姓聽到這條消息後，一個個爭先恐後紛紛拿起法律武器爭相檢舉作奸犯科之人。沒有幾天時間，董士選遂擒賊首，其餘從眾一律遣送回家務農。從賊首那裏搜出一些文書，附近郡縣的富人名單具列其中。李霆鎮、元明善請求把這些單據文書賬單一同燒掉。熊熊大火旁，圍觀群眾莫不興高采烈歡欣鼓舞。自此以後，民心益安。
董士選遂派遣使者向朝廷稟告鎮壓按撫之事。
中書平章政事博果秘密召到來使，說:“董公寫功勞簿上了嗎？”使者說:“我一直在行動，可董左丞一再叮囑:‘朝廷若問起軍功，你就說鎮壓安撫沒有遭受多大波折，隻要我得以免罪，那是多麽幸運的事情呀！至於軍功，沒有人可以信服。’”於是，使者取出文書，隻請求罷黜幾個貪官汙吏而已，至於破賊之事，隻字不提。
朝廷與群臣商議，均深深歎服董士選識大體顧大局。之後，董士選拜江南行禦史台中丞。董士選廉潔自律威武霸氣且尚以樸素著稱，不言而嚴肅，凜然有大臣之風。
之後，董士選入僉樞密院事，不久，拜禦史中丞。前中丞崔彧久任風紀，善斡旋以就事功。那時，丞相諤勒哲重用劉深，讓他出師南征八百媳婦國（古代西南蠻之一，世傳其王有八百個妻子而得名。），彼此相距數萬裏，遠冒煙瘴，加上水土不服。這支部隊還沒參加戰鬥，卒死者十已七八。
不僅如此，丞相諤勒哲驅趕民夫打圈圈繞彎彎運送粟糧餉軍。由於溪穀之間狹窄，運糧車根本就過不去。無奈，隻好讓人們肩挑手扛才能到達。每個挑夫負擔八鬥粟糧，旁邊還得有幾個人幫忙。
就這樣，挑夫行走一趟需要幾十天，致使民夫道斃者達到了幾十萬人。朝廷內外，一片嘩然。而諤勒哲對朝廷說:“江南之地都是始祖所取，朝廷不發動這場戰役，則無功可見於後世。”朝廷聞罷，遂采納諤勒哲建議，用兵意誌更加堅定。故此，朝廷內再也沒有人敢進諫了。
江南禦史台中丞董士選獲悉這一重大事件後，便率同列一道奏事殿中。士選便發表自己的主張:“如今，劉深出師，以有用之民而取無用之地，就令當取，也必須讓遣使明白這件事，諭之不從，然後聚粱選兵，視時而動，豈得輕用一人妄言，而致上百萬生靈於死地？”
朝廷聞聽之後，臉色驟然大變，董士選依然明辨不止，侍從都為士選這種舉止而嚇得戰栗不止。
朝廷說:“事已至此，卿不要再說了。”
董士選說:“如果臣的話能夠獲罪，那麽臣敢做敢當。他日因為臣不說而獲罪，臣死了又有什麽好處呢？”
朝廷聽不下去了，遂起身離朝，左右相擁而出。
沒過幾個月，朝廷獲悉元軍出師不利大敗而歸，遂慨然說:“董卿的預言果然應驗，朕很慚愧呀！”
因為這件戰事，朝廷賜禦史台中丞董士選上尊，以表彰他敢於直言，遂停止發兵征戰，誅殺劉深等人。
之後，董士選出為江浙行省右丞，遷汴梁（今開封）行省平章政事，又遷陝西。
董士選平生以忠義自許，尤號廉介，自門生部曲，不敢持一毫獻者，治家甚嚴，而孝弟尤篤。當時，要是一說起世家有禮法的人家，必然非真定府蒿城董家莫屬。
不僅如此，董士選禮賢下士尤為突出。在江西，把官吏元明善尊為賓友，又把吳澄尊稱老師而虛心學習。還把鴻儒吳澄老師宴請家中給孩子們授業解惑。此種範例舉不勝舉。
晚年，董士選好讀《易》，清心寡欲伴隨終身。每次做官，他總是賣掉先業田廬為貧困人家捐款，故而，他老年時生活更加貧困。子孫們穿衣打扮也與平民百姓沒有什麽兩樣。做官的人往往稱讚董士選是廉潔官吏。
董士選有三個兒子，長子董守忠，雲南省參政知事；二兒子董守愨侍政府判官；小兒子董守思知威州。